プラスミドエディターApEでのマーカーの設定方法

こんにちは。JON@u_rigakubuです。
閲覧ありがとうございます！

以前、プラスミドエディターApEが便利だというお話をしました。

今回は、サクッとマーカーの設定方法と電気泳動結果予想の出し方をお話します。便利ですよ！

ApEでのマーカーの設定方法

デフォルトだと、10kb plusとかいうマーカーになっていますが、以下のように設定すると10kb等任意のマーカーに変更可能です。

1. ”Enzymes”＞”Edit Ladders”を選ぶ。

2. “Add New”を押し、名前を設定。

3. ”Band:”の下にある空欄に、バンドの長さを入れてAddを押す。（バンドの数だけ繰り返す）

コツ：3000bp のところを太くしたければ、3050とか適当に近いバンドをAddする。

ここでは結果の例として、「pUC119をBamH1とSca１で切断」という仮想の実験を考えてみます。

1. “Enzyme” > “Enzyme Slector”を選ぶ。

2. 用いる酵素を選択し、Digestを押す

3. 実際の泳動結果に近い予想パターンが得られる

・１kb Ladderの例

マーカーの３kb付近が太くなっているのがポイントです！みやすくないですか？

・lambda Hind IIIの例　

ApEのマーカーの設定方法についてまとめました。この程度の例なら問題ありませんが、より複雑なプローブを作った時など、事前に予想パターンが得られるのは重宝しますよ！