プラスミドエディターApEでのマーカーの設定方法

研究
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こんにちは。JON@u_rigakubuです。
閲覧ありがとうございます!

以前、プラスミドエディターApEが便利だというお話をしました。

今回は、サクッとマーカーの設定方法電気泳動結果予想の出し方をお話します。便利ですよ!

ApEでのマーカーの設定方法

デフォルトだと、10kb plusとかいうマーカーになっていますが、以下のように設定すると10kb等任意のマーカーに変更可能です。

1. ”Enzymes”>”Edit Ladders”を選ぶ。

2. “Add New”を押し、名前を設定。

3. ”Band:”の下にある空欄に、バンドの長さを入れてAddを押す。(バンドの数だけ繰り返す)

コツ:3000bp のところを太くしたければ、3050とか適当に近いバンドをAddする。

ApEは泳動結果の予想図を自動で作成できる

ここでは結果の例として、「pUC119をBamH1とSca1で切断」という仮想の実験を考えてみます。

1. “Enzyme” > “Enzyme Slector”を選ぶ。

2. 用いる酵素を選択し、Digestを押す

3. 実際の泳動結果に近い予想パターンが得られる

・1kb Ladderの例

マーカーの3kb付近が太くなっているのがポイントです!みやすくないですか?

・lambda Hind IIIの例 

まとめ

ApEのマーカーの設定方法についてまとめました。この程度の例なら問題ありませんが、より複雑なプローブを作った時など、事前に予想パターンが得られるのは重宝しますよ!

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